Alternatif-alternatif rute perjalanan menuju TNM

1. Dari Ambon ke Saleman-Wahai dapat ditempuh dengan menggunakan kapal motor yang memakan waktu 24 jam. Kapal motor ini memiliki jadwal perjalanan 3 kali seminggu. Perjalanan dari Wahai ke lokasi taman nasional dapat ditempuh dengan jalan kaki.
2. Lewat pantai selatan, TNM ditempuh melalui kota Ambon ke Tehoru-Saunulu-Mosso dengan kapal motor yang memakan waktu 9 jam. Jadwal kapal motor berjalan adalah 4 kali dalam seminggu. Perjalanan selanjutnya ke lokasi taman nasional hanya dapat ditempuh dengan jalan kaki.
3. Perjalanan lewat darat dapat dilakukan dari Ambon ke Tulehu dengan waktu tempuh 45 menit. Selanjutnya dari Tulehu ke Amahai dapat dicapai dengan long boat cepat yang memerlukan waktu 1 jam 45 menit. Perjalanan dari Amahai ke Tehoru dilakukan lewat jalan darat selama 3 jam selanjutnya diteruskan dengan speed boat ke Saunulu/Mosso selam 30-60 menit. Pengunjung dapat pula memilih rute perjalanan darat menuju taman nasional bagian utara. Rute ini ditempuh dari Amahai ke Saleman melewati Masohi yang membutuhkan waktu 3 jam dilanjutkan dengan speed boat menuju Wahai yang memakan waktu 2 jam

4. Perjalanan memasuki TNM dari Saunulu/Mosso dilakukan dengan jalan kaki melalui jalan setapak dan mendaki tebing-tebing pegunungan sehingga pemandu dan pembawa barang sangat diperlukan.
5. Dari sisi utara, kawasan TNM dapat ditempuh melalui jalan trans-Seram dari Wahai ke Sasarata. Rute ini dapat dilalui roda empat. Selanjutnya dari Sasarata menuju kawasan taman nasional bagian tengah/selatan dapat ditempuh dengan jalan kaki menuju jalan setapak yang menghubungkan Kaloa-Hatuolo Maraina, dan Manusela. Perjalanan ini memerlukan waktu kurang lebih 2 hari.
6. Apabila pengunjung membawa kendaraan roda empat, perjalanan dilakukan dari Ambon ke Liang dengan waktu tempuh ± 1,5 jam. Selanjutnya dari Liang ke Kairatu ditempuh selama ± 2 jam dengan menggunakan ferry. Dari Kairatu ke Saka ditempuh dengan jalan darat selama ± 3,5 jam.
7. Rute terbaru untuk menuju Taman Nasional bagian utara yaitu dari Ambon bisa langsung menggunakan pesawat Merpati jenis twin otter Menuju ke Wahai, dari Wahai ke Sasarata dan selanjutnya perjalanan dilakukan dengan jalan kaki menuju kawasan.