Taman Nasional Manusela merupakan kawasan konservasi dengan luas 189.000 Ha,dan merupakan taman nasional tipe B. Kawasan ini merupakan gabungan dari 2 cagar alam yaitu Cagar Alam Wae Nua dan Cagar Alam Wae Mual dan ditambah dengan perluasan wilayah Cagar Alam Wae Nua dan Cagar Alam Wae Mual. Secara administratif kawasan TNM termasuk di wilayah Kecamatan Seram Utara yang berkedudukan di Wahai dan Kecamatan Seram Selatan di Tehoru, Kabupaten Maluku Tengah, Propinsi Maluku.Taman Nasional Manusela secara ekologis memiliki tujuh tipe vegetasi, yaitu berturut-turut dari pantai ke puncak gunung Binaya adalah sebagai berikut:
>Hutan mangrove (mangrove formation) Vegetasi mangrove merupakan jalur sempit, letaknya tepat di belakang pantai berpasir yang agak tinggi di sepanjang pantai utara. Perkembangan terbaik terdapat di sepanjang Tanjung Mual dan Muara Wai Isal. Jenis tumbuhan dominan antara lain Tancang (Sonneratia alba), Bakau-bakauan (Rhyzopora acuminata, Rhyzopora mucronata), Bruguiera sexangula, Api-api ( Avicenia sp) dan Nipah (Nypa fructicans).
>Vegetasi pantai ( beach formation) Vegetasi di Taman Nasional Manusela berkembang dengan baik di sepanjang pantai utara yang berpasir. Di daerah pesisir bagian selatan (walaupun di luar kawasan) sudah jarang ditemukan vegetasi pantai alami. Jenis-jenis tumbuhan yang dominan adalah Ipomea pescaprea, Svinivax litoralis, Terminalia cattapa, Pandanus sp, Casuarina equisetifolia .
>Hutan rawa dataran rendah (lowland swamp forest) Formasi ini merupakan kelompok-kelompok kecil yang perkembangannya kurang baik, letaknya di belakang hutan mangrove di pantai Utara. Jenis-jenis tumbuhan yang dominan adalah Nauclea sp, Ficus nodosa, Baringtonia racemosa, Eugenia sp, Callophyllum soulatri, Callophyllum inophyllum, Alstonia scholaris, Anthocephalus cadamba. Daerah ini, khususnya di sekitar Wai Isal dan Wai Mual. Pada musim kemarau yang berkepanjangan daerah ini sangat rawan kebakaran.
>Vegetasi tebing sungai (riverbank vegetation) Tipe vegetasi ini perkembangannya sangat baik di sepanjang sungai-sungai utama: Wai Mual dan lembah Wai Kawa. Jenis-jenis yang ditemukan di daerah ini antara lain: benuang ( Octomeles sumatrana), Ficus sp, Litsea sp, Eugenia spp, Diospyros sp, Vitex gofasus dan Alstonia spectabilis.
>Hutan hujan dataran rendah (lowland rain forest) Tipe vegetasi ini menutupi sebagian besar dataran rendah Wai Mual dan lembah wai Kawa di bagian utara sampai dengan ketinggian 500 meter dpl. Jenis-jenis penyusunnya antara lain meranti (Shorea seilanica, Shorea montigena), kayu kapur (Hopea spp), kayu raja (Koompassia malaccensis), kenari (Canarium spp), bintanggur (Callophyllum inophyllum), merbau (Intsia bijuga), pala hutan (Myristica succdaea, Myristica aromatea), dan Podocarpus spp.
>Hutan hujan pegunungan (mountain rain forest) Tipe vegetasi ini dijumpai di seluruh pegunungan Murkele, dan gunung Kobipoto, pada ketinggian antara 500 – 1.500 mdpl. Jenis-jenis yang ditemukan adalah Agathis alba, Agathis phillipinensis, Casuarina montana, Duabanga moluccana, Diospyros sp, Pterocarpus blumeii.
>Hutan hujan pegunungan juga kaya akan jenis-jenis rotan dan liana, tetapi secara umum dapat dikatakan hutannya dengan tumbuhan bawahnya yang jarang. Pada tempat yang lebih tinggi tumbuhan bawahnya bertambah dengan perdu dari jenis Impatens sp, Dianella sp, Brumania sp, Dacrydium sp, Phyllocladus sp, dan Podocarpus sp
>Hutan lumut (alpine/moss forest) Hutan lumut terletak di atas ketinggian 1.500 meter dpl, dan ditandai dengan pohon-pohonnya yang berukuran kecil dengan berbagai bentuk yang tertutup dengan lumut dan paku-pakuan yang biasanya tumbuh di atas tanah atau sebagai epifit. Tumbuhan utama antara lain Rhododendron sp dan Angiostris sp.
